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       Cho, Lee, et al. (A manuscript is submitted.)

 

 

  • Manual

      1.

...

COMMAND

        (1) Variants CallingOption1
            ./adi_scan –a [Bam file] -r [reference file]
        (2) Somatic Calling using T/N sampleOption2
           ./adi_scan –p [Normal control Bam file] -q [Cancer case Bam file] -r [reference file]

...

        (1) Score cutoff(0~1) -z [double], default=0.5 using adiscan(1)
        (2) Score cutoff(1~50) -z [double], default=25 using adiscan(2)
        (3) Depth Cutoff -x [unsigned int], default=30 using variant caller
        (4) # of Thread -t [unsigned int], default=1
        (5) Detect Insert -i default=false
        (6) Detect Delete -d default=false
        (7) List File -l [list file], default= using filtering

     

...

2

...

. Example

       (1) Download reference : ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/phase2_reference_assembly_sequence/hs37d5.fa.gz

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